patrocinium, obok wezwania maryjnego, miała romańska kaplica na Wawelu. Niewykluczone, że zasiadający na tronie senioralnym książęta śląscy – Henryk II lub Henryk IV – ten wzorzec przenieśli znad Wisły. Związki z dworem zdawały się potwierdzać bogate średniowieczne polichromie, niestety zniszczone w czasie drugiej wojny światowej. Na ścianie wschodniej nawy północnej umieszczono osiem scen z życia św. Jadwigi, najsławniejszej spośród śląskich księżnych. Po drugiej stronie nawy głównej, na ścianie południowej namalowano – nieczęsto spotykaną w tradycji katolickiej, a czczoną w prawosławiu – Matkę Bożą Opiekuńczą, okrywającą miasto omoforionem, czyli Pokrow.

W XV wieku książę Wacław Żagański, zrzekłszy się swych praw do części księstwa, otrzymał wysokie odszkodowanie, dzięki czemu mógł bez reszty poświęcić się swemu powołaniu. Jako tercjarz zamieszkał w drewnianym domu, przy dzisiejszej ul. Mikołaja 37. Zmarły w 1478 roku książę zapisał kościołowi św. Barbary swój majątek w zamian za pochówek i msze za spokój duszy. Z tej fundacji parafia korzystała aż do końca XVIII wieku.

W 1526 roku świątynia wraz z kościołem św. Elżbiety przeszła na własność gminy ewangelickiej. Wraz z duchem reformacji w wystroju kościoła następują zmiany.

W XVI-wiecznym Wrocławiu zgorszenie katolików budziła pierwsza protestancka ambona na Śląsku, wzniesiona w 1533 roku w kościele św. Barbary. Umieszczone na niej sceny uznano za jawny atak na katolickie duchowieństwo. Kontrowersyjne wyposażenie usunięto podczas prac remontowych w latach 1704-1706, zastępując je nową, bogato rzeźbioną i złoconą kazalnicą.

W 1570 r. kościół rozbudowano, nadając mu cechy nowego stylu architektonicznego. Dobudowano m.in. przedsionek z klatką schodową przy wieży południowej oraz emporę pomiędzy obydwiema wieżami od strony zachodniej. Ostatecznie, południowa wieża od strony zachodniej osiągnęła zamierzoną wysokość i jest znacznie wyższa od północnej, która zaledwie zrównała się z kościołem.

Kościół na stałe wpisał się w pejzaż miasta. Od ulicy św. Mikołaja wieżę południową zdobił zegar, popularnie nazywany „kluskowym”. W dawnym Wrocławiu wyznaczał on rytm prac wielu gospodyń. Podobno, z rozmysłem tak ustawiony, bił za pięć dwunasta. Wówczas wrocławianki wiedziały, że nadszedł czas wrzucania klusek do gotującej się wody, aby wyciągnąć je, kiedy inne zegary w mieście wybiją południe. Niestety, w czasie drugiej wojny światowej zegar utracił wskazówki, a z nimi dawną popularność.

W 1807 roku, po zdobyciu Wrocławia przez wojska księcia Hieronima, brata cesarza Francuzów, ulokowano w kościele polski legion. Niepomni