Nie obyło się jednak bez osobistych tragedii. 19 stycznia 1949 r. na skutek oszczerczego donosu służby bezpieczeństwa zaaresztowały o. Aleksego Znosko oraz inżynierów Smirnowa i Wieleckiego. O. Znosko został skazany na karę śmierci, zamienioną potem na dożywocie, a inżynierów wywieziono w głąb Rosji. Dzięki staraniom matuszki Zofii doprowadzono do rewizji procesu, udowodniono kłamstwo i w 1953 roku duchowny wyszedł na wolność. Wkrótce też z zsyłki powrócił inżynier Jerzy Smirnow, niestety Piotr Wielecki zmarł w łagrze.

W czasie pobytu o. Znosko w więzieniu obowiązkami dziekana wrocławskiego dzielili się kolejno o. Stefan Biegun z Jeleniej Góry i będący proboszczem o. Michał Kalin, a po opuszczeniu przez niego Wrocławia o. Atanazy Sławiński.

24 września 1949 roku do Wrocławia przyjechał wyświęcony w Moskwie 25 czerwca 1948 roku przez patriarchę Aleksego I podczas wizyty delegacji hierarchów z Polski, biskup Michał Kiedrow, oficjalnie ordynariusz wrocławsko-gdański.

– To był bardzo światły człowiek, ale częściej niż we Wrocławiu przebywał w Warszawie, Jabłecznej i w Białymstoku – wspomina Raisa Biegun.

Diecezją Ziem Odzyskanych po internowaniu metropolity Dionizego, od 21 do 8 września 1948 roku, zarządzał arcybiskup Tymoteusz. Od 9 września 1948 roku Wrocław znalazł się w obrębie kierowanej przez biskupa Jerzego diecezji łódzko-wrocławskiej, potem gdańsko-wrocławskiej. Ostatecznie 7 września 1951 roku podjęto decyzję o utworzeniu diecezji wrocławsko-szczecińskiej z biskupem Michałem na czele. W archiwum zachował się datowany tego dnia telegram nadany w Warszawie przez nowego ordynariusza: „Przyjadę w sobotę. Dziewiąta. Michał biskup wrocławsko-szczeciński”.

Odtąd zamieszkał na stałe w sąsiedniej kamienicy na Kniaziewicza 18. Planował rozwój diecezji. Niestety, 6 listopada 1951 roku zmarł nagle w Białymstoku na rękach swego sekretarza, o. Mikołaja Poleszczuka. Podobno przyczyną śmierci był zawał serca. W archiwum diecezjalnym zachowały się dwa telegramy z 6 listopada 1951 roku. Pierwszy, nadany o 17.54 w Warszawie przez o. Włodzimierza Wieżańskiego z prośbą o potwierdzenie śmierci księdza biskupa Michała, drugi o 21.20 w Łodzi: „Przyjeżdżam w środę. Siedemnasta. Trzy osoby. Pogrzeb czwartek. Biskup Jerzy”.

Dzień po śmierci w mieszkaniu hierarchy ksiądz Wiaczesław Rafalski jako przewodniczący oraz członkowie – o.o. Kalin i Wieżański komisyjnie spisali rzeczy osobiste zmarłego, które miały być przesłane siostrze, Wierze Pietrowej Kiedrow, do Jarańska w kirowskiej obłasti. Szaty liturgiczne i mitra miały pozostać przy katedrze.