Decyzją Świętego Soboru Biskupów PAKP (uchwała z dn. 13 listopada 2012r.) wyznaczono na październik 2013r. ogólnometropolitalną kwestę na rozbudowę Cerkwi Prawosławnej pw. Św. Mikołaja w Zielonej Górze.

Świątynia zlokalizowana przy ul. Partyzantów 6, zbudowana została w latach dwudziestych XXw., jako protestancka kaplica pomocnicza. Na cele kultu została przekazana społeczności prawosławnej w 1948r.. Konsekracji, częściowo odremontowanej świątyni, dokonał 5 czerwca 1949r. biskup Michał (Kiedrow). Świątynia na przestrzeni kilkudziesięciu lat poddawana była większym lub mniejszym remontom. Wymieniono m. in. instalację elektryczną, stolarkę okienną, dokonano remontu dachu.

W ostatnich latach budynek świątyni zaczął ulegać coraz szybszemu procesowi starzenia się. Powstało szereg pęknięć ścian, pojawiły się coraz widoczniejsze zawilgocenia, spowodowane dodatkowo przeciekającym w wielu miejscach dachem. Przyczyną tego był m. in. brak fundamentów świątyni oraz wieńca scalającego budynek, jak również odpowiedniej izolacji.

Z błogosławieństwa Jego Ekscelencji Arcybiskupa Jeremiasza od czerwca 2012r. trwają prace związane z remontem i rozbudową cerkwi w Zielonej Górze.

Całość prac remontowych została podzielona na kilka etapów. Dotychczas wykonano:
1. etap I (zrealizowany w czerwcu i lipcu 2012r.):
- rozebranie przedsionka z budową parteru wieży,
- rozbudowa podłużnych ścian nawy środkowej,
- wykonanie izolacji poziomej istniejących ścian przyziemia metodą podcinania.
2. etap II (zrealizowany w sierpniu i wrześniu 2012r.):
- wzniesienie ścian konstrukcyjnych ze słupami żelbetowymi do poziomu posadowienia podciągów żelbetowych (w części poszerzenia nawy),
- wzniesienie ścian konstrukcyjnych wieży antresoli do poziomu +7,13, wraz z wykonaniem dwóch stropów gęsto żebrowych na poziomie + 3,00 i + 5,75, jak również wykonanie nadproża w ścianie istniejącej oraz wszystkich wieńców aż do poziomu + 7,38,
- wykonanie izolacji przeciwwilgociowej i termicznej istniejących ścian fundamentowych oraz instalacji uziemienia otokowego.
3. etap III (zrealizowany w październiku i listopadzie 2012r.):
- wykonanie wieńca żelbetowego na poziomie + 5,49 m,
- wykucie bruzd w istniejącym murze wraz z wykonaniem łukowego sklepienia żelbetowego oraz trzpieni żelbetowych do poziomu stropu antresoli,
- wykonanie żelbetowych podciągów poprzecznych - wieży wraz z żelbetową, monolityczną płytą stropową.

W ostatnim okresie zakończony został IV etap prac remontowych. Polegał on m. in. na prefabrykacji zwieńczenia dzwonnicy wraz z kopułą i krzyżem oraz osadzeniu ich na wcześniej przygotowanej, murowanej wieży. Etap ten udało się ukończyć w ostatnich dniach Wielkiego Postu, dzięki czemu świątynia tuż przed świętem Paschy stała się bardziej okazała i zyskała blask nowego, pozłacanego krzyża.